单细胞测序——细胞类型注释相关网站介绍(一)

单细胞测序技术正如火如荼,2018年单细胞测序相关文献达到400多篇。单细胞测序有两个关键点,一是单细胞悬液的制备,二是单细胞测序数据的分析。

对于单细胞测序数据分析而言,最重要的就是细胞分群和注释。

这里记录几个进行细胞类型注释时可参考的网站。

一、Cell marker (http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/)

该数据库收录了人和小鼠的细胞marker相关信息,当然这个数据库收集的不仅仅是单细胞测序数据。目前包括来自158个人体不同组织部位的467种不同细胞类型共对应13,605个cell marker;来自小鼠的81个不同组织的389种细胞类型共9,148个cell marker。网站提供数据上传和下载。下面介绍一下网站的主要功能和使用参考。

1.选择感兴趣的组织和细胞类型,比如血液中的B细胞。

2. 点击之后查看相应数据来源,包括单细胞测序和传统实验方法。

3. 更多数据细节在 more detail 里面展示,比如是否癌症相关,参考文献来源等。

二、Genomic Cytometry (http://genomiccytometry.com/#/)

这个网站看起来比较炫酷。但是目前收录的数据并不多,仅限于人的血液数据。

1.点击人像,进入如下页面,红框即为blood。

2.点击血液,进入如下页面,左下角即为下载按钮,提供数据下载。

下载的表格即为血液所包含各个类型细胞的marker

三、Mouse Cell Atlas (http://bis.zju.edu.cn/MCA/)

这是浙江大学郭国骥团队的网站,针对小鼠的单细胞测序数据,当然使用的单细胞分离方法也不是商业化的10X或BD技术。他们自己有一套叫做Microwell-seq的方法,也有相应的试剂盒提供,信息官网可查。

网站左边是各种不同组织,可以根据自己的研究选择相应的组织,比如外周血,再点击右上角,可以查看具体数据情况。

具体数据分为两部分内容,上方为细胞聚类图,下方为具体类别对应的细胞类型和基因表达情况。

 

先介绍这个三个网站,当然还有很多数据和分类的参考marker信息在一些CNS级别文章中,但并未整理成数据库,大家可以平时多注意收集不同类型细胞注释的marker基因。

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分类: 生物信息

1 条评论

xuyongsky123 · 2019年3月5日 下午2:32

不明觉厉~~

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