单细胞测序——细胞类型注释相关网站介绍（一）

单细胞测序——细胞类型注释相关网站介绍（一）

单细胞测序技术正如火如荼，2018年单细胞测序相关文献达到400多篇。单细胞测序有两个关键点，一是单细胞悬液的制备，二是单细胞测序数据的分析。

对于单细胞测序数据分析而言，最重要的就是细胞分群和注释。

这里记录几个进行细胞类型注释时可参考的网站。

一、Cell marker （http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/）

该数据库收录了人和小鼠的细胞marker相关信息，当然这个数据库收集的不仅仅是单细胞测序数据。目前包括来自158个人体不同组织部位的467种不同细胞类型共对应13,605个cell marker；来自小鼠的81个不同组织的389种细胞类型共9,148个cell marker。网站提供数据上传和下载。下面介绍一下网站的主要功能和使用参考。

1.选择感兴趣的组织和细胞类型，比如血液中的B细胞。

2. 点击之后查看相应数据来源，包括单细胞测序和传统实验方法。

3. 更多数据细节在 more detail 里面展示，比如是否癌症相关，参考文献来源等。

二、Genomic Cytometry (http://genomiccytometry.com/#/)

这个网站看起来比较炫酷。但是目前收录的数据并不多，仅限于人的血液数据。

1.点击人像，进入如下页面，红框即为blood。

2.点击血液，进入如下页面，左下角即为下载按钮，提供数据下载。

下载的表格即为血液所包含各个类型细胞的marker

三、Mouse Cell Atlas （http://bis.zju.edu.cn/MCA/）

这是浙江大学郭国骥团队的网站，针对小鼠的单细胞测序数据，当然使用的单细胞分离方法也不是商业化的10X或BD技术。他们自己有一套叫做Microwell-seq的方法，也有相应的试剂盒提供，信息官网可查。

网站左边是各种不同组织，可以根据自己的研究选择相应的组织，比如外周血，再点击右上角，可以查看具体数据情况。

具体数据分为两部分内容，上方为细胞聚类图，下方为具体类别对应的细胞类型和基因表达情况。

 

先介绍这个三个网站，当然还有很多数据和分类的参考marker信息在一些CNS级别文章中，但并未整理成数据库，大家可以平时多注意收集不同类型细胞注释的marker基因。

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