bam/sam文件转换以及samtools，IGV使用（转录组中提取病毒信息）
背景：
有一个已知病毒基因组序列文件，长度约为3k，下载到fasta文件和gff3文件。
需求：
希望在转录组测序结果中，看是否有检测到病毒的表达。
bam/sam文件转换以及samtools，IGV使用（转录组中提取病毒信息）
实现方法：
- 直接将病毒的fasta文件与参考基因组文件cat在一起
- 将个gff3文件转为gtf文件格式，这一步暂时似乎没有现成软件，可以用脚本实现
- 利用比对软件如star进行比对
- 处理比对得到的bam文件结果
以下针对第4条详细描述:
4.1、首先对bam文件进行排序，因为samtools提取信息时，通常需要文件已经排序
使用默认参数排序即可：samtools sort mybam.bam -T sorted -o sorted.bam
（-T 为中间文件前缀，-o指定输出文件名） （注：所有的参数都可以通过 samtools help sort/view/index/... 查看）
4.2、排序之后，需要建立index
samtools index sorted.bam
4.3、在结果文件中，病毒ID会放在Chromesome 一列，可以直接提取比对到病毒上的信息。
samtools view -b -h sorted.bam chrID > map_to_virus.bam
(-b 指明输出文件为bam格式，-h保留sam文件表头)
4.4、用samtools 查看深度
samtools depth -r chr:from-to map_to_virus.bam > depth.txt
(-r指定染色体和区域)
4.5、windows下使用IGV
这里也可以用windows下的IGV软件直接进行可视化，但是如果文件太大，电脑可能会死机，小文件可以看一看
首先打开IGV，先Genomes->Load Genome From File导入病毒的fasta文件，作为参考基因组文件，再File->Load From File 打开之前建好index的bam文件即可，这里需要把bam文件和index文件都放在一个文件夹下，不然会报错
over~
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