bam/sam文件转换以及samtools，IGV使用（转录组中提取病毒信息）

bam/sam文件转换以及samtools，IGV使用（转录组中提取病毒信息）

 

背景：

有一个已知病毒基因组序列文件，长度约为3k，下载到fasta文件和gff3文件。

需求：

希望在转录组测序结果中，看是否有检测到病毒的表达。

 

bam/sam文件转换以及samtools，IGV使用（转录组中提取病毒信息）

实现方法：

1. 直接将病毒的fasta文件与参考基因组文件cat在一起
2. 将个gff3文件转为gtf文件格式，这一步暂时似乎没有现成软件，可以用脚本实现
3. 利用比对软件如star进行比对
4. 处理比对得到的bam文件结果

以下针对第4条详细描述:

4.1、首先对bam文件进行排序，因为samtools提取信息时，通常需要文件已经排序

使用默认参数排序即可：samtools sort mybam.bam -T sorted -o sorted.bam

（-T 为中间文件前缀，-o指定输出文件名）
（注：所有的参数都可以通过 samtools help sort/view/index/... 查看）

4.2、排序之后，需要建立index

samtools index sorted.bam

4.3、在结果文件中，病毒ID会放在Chromesome 一列，可以直接提取比对到病毒上的信息。

samtools view -b -h sorted.bam chrID > map_to_virus.bam

(-b 指明输出文件为bam格式，-h保留sam文件表头)

4.4、用samtools 查看深度

samtools depth -r chr:from-to map_to_virus.bam > depth.txt

(-r指定染色体和区域)

4.5、windows下使用IGV

这里也可以用windows下的IGV软件直接进行可视化，但是如果文件太大，电脑可能会死机，小文件可以看一看

 

首先打开IGV，先Genomes->Load Genome From File导入病毒的fasta文件，作为参考基因组文件，再File->Load From File 打开之前建好index的bam文件即可，这里需要把bam文件和index文件都放在一个文件夹下，不然会报错

over~

 

转载请注明出处豆豆网

---